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-与剧情无直接关系的部分- 魔兽手册：自动记录战斗过的敌人的属性等资料。对打倒过的敌人还会记录“情报”回路能看到的部分。 料理手册：选择料理的时候，可以看到当前拥有该料理的数量。制作料理的时候会出现艾丝蒂尔厨师的形象。 小地图：装备鹰目回路时可以在小地图上显示敌人位置。敌人显示为“▲”，可以表明其朝向。 地名收集：通过对话或实际探索会自动记录。左下方会记录完成的百分比。 战斗语音及头像：增加了PC版3rd的对应人物头像及战斗语音。 队伍编成：选择成员时，会显示角色的简单介绍。选择角色时还会有语音（各2种）。 继承存档：继承SC的通关存档，可选择继承米拉、耀晶片、筹码（游戏币）、各种物品、装备及回路（上限10）（若继承此项，将不能继承塞姆里亚石）、手册（料理、垂钓、魔兽、地图）、人物状态（等级、结晶孔强化）。二周目赌场有新增交换物品（第一章新增大吃一惊曲奇饼、危险肉丸、七色不可思议玉；第八章新增催眠曲奇、昏厥肉丸子、极光不可思议玉、月亮眼镜、预警之铃、龙卷扇、长桶Ⅲ、还魂粉、还魂胶囊）。 其他： 部分敌人的能力和抗性有一定变更。 出现更换UMD的提示时有提妲摩擦双手的形象，确认插入的UMD时有提妲操作机器的形象，都出自S技“卫星激光”。 开始游戏时的标题画面背景，每张UMD各一种，但是会随着时间经过出现昼夜变化。
存档： 在第六章开始编队时可以更换队员装备（注：PC版这时只能选择成员而不能换装备，所以一旦把某些装备放在了其他队员身上要拿回就只能去川蝉亭一趟）。此次编队之后，其他队员会自动前往川蝉亭。 莱维战后、怀斯曼战后、天使怀斯曼第2战后可以存档。 通关存档会保存在和普通存档不同的位置。 队伍角色： 第八章“王立学院受袭事件”完成后，带提妲去卢安的武器店可学会S战技“炮射冲击F”（直线攻击）。 终章，来到中枢塔前站后回埃尔赛尤号与科洛丝、尤莉亚、穆拉任一人对话，即可选择尤莉亚（Lv85）和穆拉（Lv86）加入队伍。此时找奥利维尔选择编队或不编队时，对话会发生变化。 带上尤莉亚或穆拉进行剑帝战，战斗后的对话有增加。有仅带尤莉亚、仅带穆拉、奥利维尔+穆拉几种情况。 装备物品： 除武器外的四栏装备猫咪系列物品时，SPD会大幅提升（笑）。 第八章可从游击士斯丁克那里获得刻耀珠（驱动3）回路。参数：时属性，属性值 时8空3幻3，STR·DEF·ATS各-14％。 在居住区域获得数据水晶Z后，地下道入口处的房子可获得第2块塞姆里亚石（？），另外可制作的终极武器增加到9种： 敌人：剑帝莱维的分身最大数量为7，因此分身和本体最多将达到8个。 补充： 战斗中选择“逃跑”时会有确认操作，而非直接逃跑（pockle01补充）。 手册履历中增加“全灭次数”（全灭GAME OVER后重新挑战，会记下一次全灭次数……） 攻击料理效果增强（PC版计算伤害时STR是取料理的STR，PSP版则是取人物的STR再加上料理STR）（不过3rd的攻击料理又和PC版一样了）
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